O Windows e o Mac OSX são sistemas operacionais "fechados", onde as empresas que os desenvolvem não divulgam informações internas sobre seu funcionamento, e você tem que usá-los como são, sem saber exatamente o que está acontecendo dentro do computador e sem poder mexer em muita coisa. Já o Linux é um sistema operacional "aberto", com seu código fonte disponível, e onde qualquer pessoa pode saber exatamente o que está acontecendo, mudar configurações editando simples arquivos de texto, e até mesmo alterar todo o sistema operacional ou os programas à vontade (basta saber programar). Não existe um único Linux, existem dezenas ou centenas de distribuições Linux, como Ubuntu, Mandriva, Red Hat, etc., cada uma com suas peculiaridades mas todas compartilhando o mesmo "kernel".
Quanto à segurança de cada sistema operacional, o Windows é o mais vulnerável, por "misturar" arquivos do usuário com arquivos do sistema, assim um programa rodado pelo usuário pode interferir e comprometer todo o sistema (como vírus e rootkits). Já o Linux e o Mac OSX (ambos seguindo estruturas derivadas do Unix) isolam os arquivos do usuário dos arquivos do sistema, desta forma impedindo que programas rodados pelo usuário afetem o sistema. Apesar de muito mais seguros, estes também não são 100% imunes a vírus, tudo depende da ação do usuário e de eventuais falhas do sistema operacional, mas em uso normal até mesmo dispensam o uso de antivírus.

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